Gray Matter воспроизводится целиком с помощью мыши в случае версии для ПК (точка и щелчок). Игра проходит в Оксфорде и, в меньшей степени, в Лондоне. Это следует за рассказом Саманты Эверетт, уличного исполнителя и волшебника, и профессора Дэвида Стилса, известного и загадочного нейробиолога. В первой сцене игры изображен Сэм, едущий на мотоцикле под дождем в сельской местности во время путешествия в Лондон, и случайно перенаправлен в Оксфорд из-за разбитого уличного знака. Ее велосипед ломается, заставляя ее укрыться в Dread Hill, близлежащем особняке, где живет Дэвид ...