VMD - Visual Molecular Dynamics



    VMD способен работать с очень большими структурами до пределов доступной памяти. 64-разрядные версии VMD позволяют загружать в физическую память большие и длительные временные траектории моделирования и размещать большие объемные наборы данных. Моделирование капсидов с участием 64 миллионов атомов, описанное в выпуске Nature от 30 мая 2013 года, является первоклассным примером того, что можно сделать с помощью VMD на оборудованной графической рабочей станции. Модель ВИЧ-1 была подготовлена ​​к моделированию с использованием инструментов построения структуры, а функции скриптинга VMD позднее использовались для анализа траектории. Всеатомная структура капсида ВИЧ-1, показанная на крышке Природы, была сделана в VMD с использованием внутреннего механизма трассировки трассировки Tachyon, и затем была составлена ​​с художественным представлением вирусной оболочки и текста обложки Nature.
      Сайт приложения

      Аналоги и альтернативы VMD - Visual Molecular Dynamics

      Наиболее популярные альтернативы и аналоги VMD - Visual Molecular Dynamics для Windows, Mac, Linux.